وفيما يلي بعض المناصب التنفيذية وغير التنفيذية التي شغلها سماحة آية الله العظمى السيد الخامنئي في السنين الأولى لانتصار الثورة الإسلامية

- نائب وزير الدفاع (1979م).
2- مسؤول قوات حرس الثورة الإسلامية (1979م).
3- إمام جمعة طهران (1979م).
4- ممثل الإمام الخميني في مجلس الدفاع الأعلى (1980م).
5- ممثل الإمام لحلّ المعضلات السياسية وغيرها في محافظة سيستان وبلوجستان (آذار عام 1979م).
6- ممثل مدينة طهران في مجلس الشورى الإسلامي (1979م).
7- عند اندلاع الحرب المفروضة عام 1980م حصل سماحة آية الله العظمى السيد الخامنئي على إذن من الإمام الخميني (قدّس سره) للحضور في جبهات القتال الجنوبية، رغم المسؤوليات الجسام والمهام الكثيرة التي كان يمارسها، وقد تكررت زياراته إلى جبهات الحق ضد الباطل حيث كان حضوره يضفي حيوية ونشاطاًً على المقاتلين.
8- تعرض في 26 حزيران عام 1981م إلى محاولة اغتيال دنيئة في مسجد «أبي ذر» بمدينة طهران قام بها جماعة المنافقين الضالة، نقل على أثرها إلى مستشفى الأمراض القلبية، وسط أمواج الحزن والذهول التي عمّت الناس والمسؤولين على السواء، وظل راقداً في المستشفى بسبب شدة جراحه إلى حين انتخابه لمنصب رئيس الجمهورية.
9- منصب رئيس الجمهورية: بعد استشهاد السيد رجائي (ثاني رئيس للجمهورية الإسلامية في إيران) رشحت القوى الثورية سماحة آية الله العظمى السيد الخامنئي لخوض معركة رئاسة الجمهورية، وبالفعل فقد حصل على أكثر من 16 مليوناً صوتاً من مجموع 17 مليوناً، وأصبح في عام 1981م ثالث رئيس للجمهورية الإسلامية في إيران وذلك بعد مصادقة الإمام الخميني على مرسوم تنصيبه، وأعيد انتخابه لفترة رئاسية ثانية من 1985م – 1989م. واقترنت فترتا رئاسة سماحته بأهمية خاصة وذلك لأنها سجلت تقلبات مرحلة حساسة وهي الحرب المفروضة، والتحديات الكبيرة التي كانت تواجهها البلاد آنذاك، وبدء عملية الإعمار بعد الحرب، وكثير من الأحداث الخطيرة الأخرى مما جعلها فترة حساسة في تاريخ الثورة الإسلامية حاضراً ومستقبلاً. كما شغل سماحة آية الله العظمى الخامنئي وبأوامر منفصلة من قبل الإمام الخميني (رضوان الله تعالى عليه) عدة مناصب، منها:
10- رئيس المجلس الأعلى للثورة الثقافية عام 1981م.
11- رئيس مجلس سياسات البلاد العليا عام 1987م.